일본의 인터넷기업들은 대부분 도쿄에 운집해있다. (우리나라의 인터넷기업들이 서울에 몰려있듯이)
아래 사이트들을 참고하여, 해당 지역의 대략적인 오피스 임대료 시세를 알아보았다.

http://www.chintai-jimusho.com/
http://www.oj-net.co.jp/

신주쿠
1만~2만엔/평
시부야/에비스
1만5천~2만엔/평
우에노
1만~1만5천엔/평

오피스 계약/운영 비용은, 임대료(보통 선불) + 보증금(敷金, 보통 임대료의 6~12개월분) + 관리비(共益費) 정도로 볼 수 있을 것 같고, 보증금은 계약이 종료된 후 상각비(보통 보증금의 10~20%)를 제하고 돌려받는다. (http://allabout.co.jp/moneylife/c/002/c003/w00021.htm 참고)

물론 소호(렌탈) 오피스 같이, 작은 공간이지만, 보증금 같은 초기비용이 없거나 적으면서, 각종 인프라를 제공해주는 곳들도 많다.
아래 사이트 등을 참고하면, 해당 정보도 확인할 수 있을 것이다. (신주쿠에 위치한 8평 정도의 사무실이 임대료 15만엔/월 + 관리비 3만~4만엔/월 수준인 것으로 보인다.)

http://www.rentaloffice-yp.net/
http://www.ro-net.jp/

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일본도 우리나라처럼 .com, .net이나 .co.kr격인 .co.jp을 많이 쓰지만, 실제로 보면 .ne.jp, .jp을 쓰는 경우도 많다. ccTLD로는 .jp를 쓰는 게 최근 추세로 보인다.

아래와 같이 일본의 대표적인 사이트들을 살펴보면, 위 사실을 바로 알 수 있다.
livedoor.com, kakaku.com
2ch.net
yahoo.co.jp, rakuten.co.jp, hangame.co.jp
hatena.ne.jp, goo.ne.jp
mixi.jp, gree.jp

.jp 도메인 등록은, 한국에서도 가비아후이즈 같은 업체들을 통해 등록이 가능하지만,
일본에 법인이 있다면, JPDirectお名前.com 같은 현지의 도메인 등록대행 업체를 활용하는 방안이 관리 측면에서 좋지 않을까 싶다.

물론 야후(kr.yahoo.com)나 싸이월드(jp.cyworld.com) 같이 gTLD로 통일시키는 형태 또한 방법 중에 하나이다.

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좋은 인재를 구한다는 것은 국내에서 사업을 하는 사람들에게조차 힘든 부분이다.
하물며 아무런 인적네트웍이 없는 해외에서 적합한 인재를 찾는다는 것은 하늘의 별따기만큼 어려울 것이다.

구글 같이 세계가 주목하는 기업이 일본이나 한국에 진출한다고 하면, 많은 지원자들이 줄을 서겠지만, 한국에서 아무리 이름 있는 기업이라 해도 일본에선 무명기업이나 다름없기 때문에, 단순히 기업홈페이지에 채용공고만 내가지고는 좋은 효과를 기대하기 힘들다.

사실 사람이 사람을 모은다는 원리는 어느 나라나 마찬가지인데,
현지법인의 대표이사나 초기멤버들이 풍부한 인적네트웍을 갖고 있지 않는 한, 역시 구인/구직업체를 활용하지 않을 수 없을 것이다.

리쿠르팅에 관련된 몇몇 사이트들을 열거해 본다. (일본어)

http://next.rikunabi.com/
http://employment.en-japan.com/
http://tenshoku.inte.co.jp/
http://www.ecareer.ne.jp/

엔지니어의 경우, http://rikunabi-next.yahoo.co.jp/tech/ 등의 정보를 참고하면, 대략적인 급여수준도 알 수 있다.

시스템개발 (웹/오픈 계열)
20대 후반 : 평균 480만엔 (300~700만엔)
30대 전반 : 평균 520만엔 (300~910만엔)
30대 후반 : 평균 600만엔 (320~1200만엔)
40대 전반 : 평균 690만엔 (400~1200만엔)

사실 다른 직종과 비교했을 때, 평균적으로 높다고 보긴 힘든 수준이나, 단순히 평균으로 모든 것을 설명할 순 없는 노릇이니. :)

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http://www.kofec.or.jp/korean/business_info/biz_info01.php
http://www.iparkosaka.net/guide/index.html

구글 같이 본사에서 서비스를 완전히 컨트롤하는 형태가 아닌, 실질적 현지화를 지향한다고 하면, 역시 지점보다는 현지법인을 설립하는 방향이 맞을 것이다.
실제로 일본에 진출한 국내 인터넷 기업들 대부분이 현지법인의 형태를 띄고 있는 것으로 보인다.

주식회사 최소자본금은 1천만엔이고, (외국기업에 의한 1엔회사 설립은 현실적으로 어렵다고 보면 될 듯.)
전반적인 설립절차는 한국과 큰 차이가 없다.

한국기업이 일본에 현지법인을 설립하는 것은, 자금이 이동하기 때문에 해외직접투자의 성격이 된다.

사실 가장 큰 걸림돌은 역시 설립시의 이사 3명(대표이사 포함), 감사 1명에 해당하는
일본인이나 영주권자를 어떻게 확보할 것인가가 아닐까 싶다. (외국인은 회사가 설립된 이후에야 투자/경영 비자를 받을 수 있다.)

실제론 최소 1명 이상의 일본거주자가 확보된다면, 설립은 가능할 것으로 보이는데,
외국인의 회사설립에 관한 내용은 아래 링크를 참고하기 바란다. (일본어)

http://www.toruoriboo.com/hojin.html
http://investment-japan.go.jp/jp/meeting/2004/0422item3.pdf

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코로케이션 형태로 서비스를 운영한다고 했을 경우, 역시 서버나 네트웍 장비를 어떻게 수급할 것인가도 중요한 관건이다.

서버조립을 전문으로 하는 중소업체와 계약을 맺어 싼 가격에 구매하는 방법도 생각해 볼 수 있겠으나, 아무래도 해외에서 그런 업체를 물색하기란 쉽지 않을 수 있다.

일본 내에도 몇몇 조립업체들이 있기는 하나, 코로케이션을 고려할 서비스 규모라 한다면, DELL, HP, IBM, NEC 등의 대기업과 잘 협상하는 방안을 일단 추천해 보고자 한다.

아울러 이러한 대기업 서버업체들은 네트웍장비에 대한 Reseller 계약이 맺어진 경우가 대부분이기 때문에, 한꺼번에 구매한다면 좀더 비용을 절감할 수도 있을 것이다.

대체적으로 장비 비용은 한국과 큰 차이는 없는 것으로 보이나, 한국에서 대규모 서비스를 운영하던 기업이라면, 아무래도 한국보다 싸게 사기는 쉽지 않을 것이다. (많이 살수록 할인율이 높아지는 것은 당연한 얘기니)
다만 최근 같은 "800원 = 100엔" 환율 상황에서는 좀 유리할 수도 있겠다. :)

서버 가격비교
http://www.buyraku.com/hardware/searchresult~1,62.html
http://www.plathome.co.jp/list.html?category=2321

네트웍장비 가격
http://www.aisan.co.jp/products/index-products-main.html

조립업체
http://www.proside.co.jp/product/server.php
http://www.plathome.co.jp/factory/
http://www.dospara.co.jp/server/

Yahoo Japan 옥션 가격
http://list3.auctions.yahoo.co.jp/jp/2084049588-category-leaf.html
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